Galaxy Australia FGENESH++ Access Request

arrow_back Back to tool access menu

FGENESH++ is a bioinformatics pipeline for automatic prediction of genes in eukaryotic genomes. It can produce fully automated genome annotations of a quality similar to manual annotation, and is extremely fast compared to some other automated genome annotation pipelines.

FGENESH++ is available on Galaxy Australia for Australian researchers. Please apply for access, using your institutional email. The following sign up form is to confirm eligibility for access to the Australian FGENESH++ Service on Galaxy Australia.


Your research (optional)


Select matrices

An annotation matrix for your species (or a related species) may need to be installed prior to use. This will be used as a reference to annotate your genome, so you should nominate a matrix with the closest taxonomic proximity to your subject species. If you have more than one species of interest, you can select multiple matrices.

0 matrices selected

    • Fungi
      • Ascomycota
        • Eurotiomycetes
          • Chaetothyriales
            • Cyphellophoraceae
              • Cyphellophora
            • Herpotrichiellaceae
              • Coniosporium
              • Fonsecaea
              • Rhinocladiella
          • Eurotiales
            • Aspergillaceae
              • Aspergillus
              • Byssochlamys
              • Penicillium
              • Rasamsonia
          • Onygenales
            • Ajellomycetaceae
              • Histoplasma
            • Arthrodermataceae
              • Microsporum
            • Onygenaceae
              • Coccidioides
              • Uncinocarpus
          • Phaeomoniellales
            • Phaeomoniellaceae
              • Phaeomoniella
        • Leotiomycetes
          • Erysiphales
            • Amorphothecaceae
              • Amorphotheca
              • Oidiodendron
            • Erysiphaceae
              • Blumeria
              • Erysiphe
          • Helotiales
            • Drepanopezizaceae
              • Drepanopeziza
            • Gelatinodiscaceae
              • Ascocoryne
            • Helotiaceae
              • Glarea
              • Lanzia
              • Hymenoscyphus
            • Rutstroemiaceae
              • Rutstroemia
            • Sclerotiniaceae
              • Botryotinia
              • Ciborinia
              • Sclerotinia
          • Thelebolales
            • Thelebolaceae
              • Pseudogymnoascus
        • Orbiliomycetes
          • Orbiliales
            • Orbiliaceae
              • Arthrobotrys
        • Pezizomycetes
          • Pezizales
            • Pyronemataceae
              • Pyronema
        • Pneumocystomycetes
          • Pneumocystales
            • Pneumocystaceae
        • Saccharomycetes
          • Saccharomycetales
            • Debaryomycetaceae
              • Candida
              • Millerozyma
              • Scheffersomyces
            • Dipodascaceae
              • Dipodascus
              • Yarrowia
            • Eremotheciaceae
            • Metschnikowiaceae
              • Clavispora
              • Metschnikowia
            • Phaffomycetaceae
            • Pichiaceae
              • Dekkera
              • Issatchenkia
              • Komagataella
            • Saccharomycetaceae
              • Kluyveromyces
              • Saccharomyces
              • Zygosaccharomyces
        • Schizosaccharomycetes
          • Schizosaccharomycetales
            • Schizosaccharomycetaceae
              • Schizosaccharomyces
        • Sordariomycetes
          • Amphisphaeriales
            • Pestalotiopsidaceae
              • Pestalotiopsis
          • Diaporthales
            • Cryphonectriaceae
            • Diaporthaceae
              • Diaporthe
          • Glomerellales
            • Glomerellaceae
          • Hypocreales
            • Bionectriaceae
              • Acremonium
            • Clavicipitaceae
              • Claviceps
              • Epichloe
              • Hypocrella
              • Periglandula
            • Cordycipitaceae
              • Cordyceps
            • Hypocreaceae
              • Escovopsis
            • Nectriaceae
              • Dactylonectria
              • Fusarium
            • Ophiocordycipitaceae
              • Hirsutella
              • Ophiocordyceps
            • Stachybotryaceae
          • Magnaporthales
            • Magnaporthaceae
              • Gaeumannomyces
          • Microascales
            • Ceratocystidaceae
              • Ceratocystis
            • Microascaceae
              • Pseudallescheria
          • Ophiostomatales
            • Ophiostomataceae
              • Graphilbum
              • Grosmannia
              • Pesotum
          • Xylariales
            • Diatrypaceae
              • Eutypa
          • Sordariales
            • Chaetomiaceae
              • Thermothelomyces
            • Lasiosphaeriaceae
              • Triangularia
            • Sordariaceae
              • Neurospora
              • Sordaria
        • Taphrinomycetes
          • Taphrinales
            • Taphrinaceae
        • Dothideomycetes
          • Botryosphaeriales
            • Botryosphaeriaceae
              • Diplodia
              • Macrophomina
              • Neofusicoccum
            • Phyllostictaceae
              • Phyllosticta
          • Capnodiales
            • Cladosporiaceae
              • Cladosporium
            • Mycosphaerellaceae
              • Cercospora
              • Fulvia
              • Pseudocercospora
              • Ramularia
              • Sphaerulina
              • Zymoseptoria
            • Teratosphaeriaceae
              • Baudoinia
              • Hortaea
          • Dothideales
            • Saccotheciaceae
          • Hysteriales
            • Hysteriaceae
              • Hysterium
          • Patellariales
            • Patellariaceae
              • Rhytidhysteron
          • Venturiales
            • Sympoventuriaceae
              • Scolecobasidium
          • Pleosporales
            • Biatriosporaceae
              • Nigrograna
            • Corynesporascaceae
              • Corynespora
            • Cucurbitariaceae
            • Didymellaceae
              • Peyronellaea
              • Stagonosporopsis
            • Leptosphaeriaceae
              • Leptosphaeria
            • Massarinaceae
              • Helminthosporium
            • Phaeosphaeriaceae
              • Parastagonospora
              • Phaeosphaeria
            • Pleosporaceae
              • Alternaria
              • Exserohilum
              • Stemphylium
            • Shiraiaceae
            • Sporormiaceae
      • Basidiomycota
        • Agaricomycetes
          • Agaricales
            • Agaricaceae
            • Amanitaceae
              • Amanita
            • Fistulinaceae
              • Fistulina
            • Hydnangiaceae
            • Hymenogastraceae
              • Galerina
              • Hebeloma
            • Marasmiaceae
            • Omphalotaceae
              • Gymnopus
            • Physalacriaceae
              • Cylindrobasidium
            • Pleurotaceae
              • Pleurotus
            • Psathyrellaceae
              • Coprinopsis
            • Schizophyllaceae
              • Schizophyllum
            • Strophariaceae
              • Hypholoma
          • Amylocorticiales
            • Amylocorticiaceae
              • Plicaturopsis
          • Atheliales
            • Atheliaceae
              • Piloderma
          • Boletales
            • Coniophoraceae
              • Coniophora
            • Hygrophoropsidaceae
              • Leucogyrophana
            • Sclerodermataceae
              • Scleroderma
            • Serpulaceae
              • Serpula
            • Suillaceae
              • Suillus
          • Cantharellales
            • Botryobasidiaceae
              • Botryobasidium
            • Ceratobasidiaceae
              • Rhizoctonia
          • Corticiales
            • Corticiaceae
              • Punctularia
          • Geastrales
            • Geastraceae
              • Sphaerobolus
          • Gloeophyllales
            • Gloeophyllaceae
              • Gloeophyllum
          • Hymenochaetales
            • Hymenochaetaceae
              • Fomitiporia
              • Pyrrhoderma
              • Sanghuangporus
            • Schizoporaceae
              • Schizopora
          • Jaapiales
            • Jaapiaceae
              • Jaapia
          • Polyporales
            • Fomitopsidaceae
              • Fomitopsis
              • Taiwanofungus
            • Phanerochaetaceae
              • Phanerochaete
              • Phanerodontia
              • Phlebiopsis
              • Ceriporiopsis
            • Polyporaceae
              • Fibroporia
              • Rhodonia
          • Russulales
            • Bondarzewiaceae
              • Heterobasidion
            • Stereaceae
              • Stereum
          • Auriculariales
            • Auriculariaceae
              • Auricularia
        • Microbotryomycetes
          • Microbotryales
            • Microbotryaceae
              • Microbotryum
          • Sporidiobolales
            • Sporidiobolaceae
              • Rhodotorula
            • Sporobolomycetaceae
              • Sporidiobolus
        • Mixiomycetes
          • Mixiales
            • Mixiaceae
              • Mixia
        • Pucciniomycetes
          • Pucciniales
            • Cronartiaceae
            • Melampsoraceae
              • Melampsora
            • Pucciniaceae
        • Tremellomycetes
          • Tremellales
            • Cryptococcaceae
            • Tremellaceae
              • Cryptococcus
        • Ustilaginomycetes
          • Ustilaginales
            • Ustilaginaceae
      • Blastocladiomycota
        • Blastocladiomycetes
          • Blastocladiales
            • Blastocladiaceae
              • Allomyces
      • Chytridiomycota
        • Chytridiomycetes
          • Spizellomycetales
            • Spizellomycetaceae
              • Spizellomyces
        • Rhizophydiomycetes
      • Glomeromycota
        • Glomeromycetes
          • Glomerales
            • Glomeraceae
              • Rhizophagus
      • Zygomycota
        • Mortierellomycetes
          • Mortierellales
            • Mortierellaceae
              • Mortierella
        • Mucoromycetes
          • Mucorales
            • Cunninghamellaceae
              • Absidia
            • Lichtheimiaceae
              • Lichtheimia
            • Mucoraceae
              • Parasitella
            • Mycotyphaceae
              • Cokeromyces
            • Rhizopodaceae
              • Rhizopus
            • Saksenaeaceae
              • Saksenaea
            • Syncephalastraceae
    • Animalia
      • Arthropoda
        • Arachnida
          • Ixodida
            • Ixodidae
              • Ixodes
        • Branchiopoda
          • Diplostraca
            • Daphniidae
              • Daphnia
        • Chilopoda
          • Geophilomorpha
            • Linotaeniidae
              • Strigamia
        • Insecta
          • Coleoptera
            • Passallidae
            • Tenebrionidae
              • Tribolium
          • Diptera
            • Culicidae
              • Aedes
              • Anopheles
            • Drosophilidae
              • Drosophila
            • Tephritidae
              • Bactrocera
          • Hemiptera
            • Aphididae
              • Acyrthosiphon
              • Cerataphis
            • Delphacidae
              • Nilaparvata
          • Hymenoptera
            • Apidae
              • Bombus
              • Apis
            • Formicidae
              • Acromyrmex
              • Atta
            • Pteromalidae
              • Nasonia
            • Tenthredinidae
              • Athalia
          • Lepidoptera
            • Bombycidae
              • Bombyx
            • Nymphalidae
              • Danaus
              • Heliconius
          • Psocodea
            • Pediculidae
              • Pediculus
      • Chordata
        • Actinopterygii
          • Acanthuriformes
            • Sciaenidae
              • Larimichthys
          • Anguilliformes
            • Anguillidae
              • Anguilla
          • Beloniformes
            • Adrianichthyidae
              • Oryzias
          • Characiformes
            • Characidae
              • Astyanax
          • Cichliformes
            • Cichlidae
              • Amphilophus
              • Astatotilapia
              • Neolamprologus
              • Oreochromis
          • Clupeiformes
            • Clupeidae
              • Clupea
          • Cypriniformes
            • Cyprinidae
              • Ctenopharyngodon
              • Cyprinus
              • Danio
          • Cyprinodontiformes
            • Cyprinodontidae
            • Fundulidae
              • Fundulus
            • Rivulidae
              • Austrofundulus
          • Esociformes
            • Esocidae
              • Esox
          • Gasterosteiformes
            • Gasterosteidae
              • Gasterosteus
          • Gobiiformes
            • Gobiidae
              • Boleophthalmus
          • Lepisosteiformes
            • Lepisosteidae
              • Lepisosteus
          • Perciformes
            • Moronidae
              • Dicentrarchus
            • Nototheniidae
              • Notothenia
          • Petromyzontiformes
            • Petromyzontidae
              • Petromyzon
          • Pleuronectiformes
            • Cynoglossidae
              • Cynoglossus
          • Salmoniformes
            • Salmonidae
              • Oncorhynchus
          • Scorpaeniformes
            • Anoplopomatidae
              • Anoplopoma
            • Cottidae
              • Cottus
          • Tetraodontiformes
            • Tetraodontidae
              • Dichotomyctere
              • Takifugu
        • Amphibia
          • Anura
            • Pipidae
        • Aves
          • Accipitriformes
            • Accipitridae
              • Aquila
              • Haliaeetus
          • Anseriformes
            • Anatidae
              • Anas
              • Anser
          • Apodiformes
            • Apodidae
              • Chaetura
            • Trochilidae
              • Calypte
          • Apterygiformes
            • Apterygidae
              • Apteryx
          • Bucerotiformes
            • Bucerotidae
              • Buceros
          • Caprimulgiformes
            • Caprimulgidae
              • Antrostomus
          • Cariamiformes
            • Cariamidae
              • Cariama
          • Charadriiformes
            • Charadriidae
              • Charadrius
            • Scolopacidae
              • Philomachus
          • Coliiformes
            • Coliidae
              • Colius
          • Columbiformes
            • Columbidae
              • Columba
          • Cuculiformes
            • Cuculidae
              • Cuculus
          • Falconiformes
            • Falconidae
              • Falco
          • Galliformes
            • Phasianidae
              • Gallus
              • Meleagris
          • Otidiformes
            • Otididae
              • Chlamydotis
          • Passeriformes
            • Acanthisittidae
              • Acanthisitta
            • Corvidae
              • Corvus
            • Muscicapidae
              • Ficedula
            • Pipridae
              • Manacus
            • Thraupidae
              • Geospiza
          • Pelecaniformes
            • Ardeidae
              • Egretta
          • Sphenisciformes
            • Spheniscidae
              • Aptenodytes
        • Chondrichthyes
          • Chimaeriformes
            • Callorhinchidae
              • Callorhinchus
        • Mammalia
          • Afrosoricida
            • Chrysochloridae
              • Chrysochloris
          • Artiodactyla
            • Bovidae
              • Bison
              • Bos
              • Bubalus
              • Capra
            • Camelidae
              • Camelus
              • Vicugna
          • Carnivora
            • Canidae
              • Canis
              • Vulpes
            • Felidae
              • Acinonyx
              • Felis
              • Lynx
            • Mustelidae
              • Mustela
            • Phocidae
              • Leptonychotes
            • Ursidae
              • Ailuropoda
          • Cetacea
            • Balaenidae
              • Balaena
            • Balaenopteridae
              • Balaenoptera
            • Lipotidae
              • Lipotes
          • Chiroptera
            • Pteropodidae
              • Pteropus
            • Vespertilionidae
              • Eptesicus
              • Myotis
          • Cingulata
            • Dasypodidae
              • Dasypus
          • Dasyuromorphia
            • Dasyuridae
              • Sarcophilus
          • Dermoptera
            • Cynocephalidae
              • Galeopterus
          • Didelphimorphia
            • Didelphidae
              • Monodelphis
          • Erinaceomorpha
            • Erinaceidae
              • Erinaceus
          • Hyracoidea
            • Procaviidae
              • Procavia
          • Lagomorpha
            • Leporidae
              • Oryctolagus
            • Ochotonidae
              • Ochotona
          • Macroscelidea
            • Macroscelididae
              • Elephantulus
          • Monotremata
            • Ornithorhynchidae
              • Ornithorhynchus
          • Perissodactyla
            • Rhinocerotidae
              • Ceratotherium
          • Pholidota
            • Manidae
              • Manis
          • Pilosa
            • Megalonychidae
              • Choloepus
          • Primates
            • Aotidae
              • Aotus
            • Callitrichidae
              • Callithrix
            • Cercopithecidae
              • Cercocebus
              • Chlorocebus
              • Colobus
              • Macaca
              • Mandrillus
            • Galagidae
              • Otolemur
            • Hominidae
              • Gorilla
              • Homo
              • Pan
            • Hylobatidae
              • Nomascus
          • Rodentia
            • Bathyergidae
              • Fukomys
              • Heterocephalus
            • Chinchillidae
              • Chinchilla
            • Cricetidae
              • Cricetulus
            • Dipodidae
              • Jaculus
            • Heteromyidae
              • Dipodomys
            • Muridae
              • Apodemus
              • Mus
            • Sciuridae
              • Ictidomys
              • Marmota
          • Soricomorpha
            • Soricidae
              • Sorex
            • Talpidae
              • Condylura
        • Reptilia
          • Crocodylia
            • Alligatoridae
              • Alligator
          • Squamata
            • Dactyloidae
              • Anolis
          • Testudines
            • Cheloniidae
              • Chelonia
            • Emydidae
              • Chrysemys
      • Cnidaria
        • Anthozoa
          • Actiniaria
            • Edwardsiidae
              • Nematostella
      • Ctenophora
        • Tentaculata
          • Lobata
            • Bolinopsidae
              • Mnemiopsis
      • Echinodermata
        • Echinoidea
          • Camarodonta
            • Strongylocentrotidae
              • Strongylocentrotus
      • Mollusca
        • Gastropoda
          • Aplysiida
            • Aplysiidae
              • Aplysia
      • Nematoda
        • Chromadorea
          • Rhabditida
            • Diplogastridae
              • Pristionchus
            • Onchocercidae
              • Brugia
            • Rhabditidae
              • Caenorhabditis
        • Enoplea
          • Trichinellida
            • Trichinellidae
              • Trichinella
      • Platyhelminthes
        • Trematoda
          • Diplostomida
            • Schistosomatidae
              • Schistosoma
      • Porifera
        • Demospongiae
          • Haplosclerida
            • Niphatidae
              • Amphimedon
    • Plantae
      • Bryophyta
        • Bryopsida
          • Funariales
            • Funariaceae
              • Physcomitrella
      • Charophyta
        • Klebsormidiophyceae
          • Klebsormidiales
            • Klebsormidiaceae
              • Klebsormidium
      • Chlorophyta
        • Chlorophyceae
          • Sphaeropleales
            • Selenastraceae
          • Volvocales
            • Chlamydomonadaceae
        • Mamiellophyceae
          • Mamiellales
            • Bathycoccaceae
              • Ostreococcus
        • Trebouxiophyceae
          • Chlorellales
            • Chlorellaceae
              • Parachlorella
          • incertae sedis
            • Coccomyxaceae
      • Tracheophyta
        • Liliopsida
          • Arecales
            • Arecaceae
              • Phoenix
          • Dioscoreales
            • Dioscoreaceae
              • Dioscorea
          • Poales
            • Poaceae
              • Aegilops
              • Brachypodium
              • Eragrostis
              • Hordeum
              • Leersia
              • Oropetium
              • Oryza
              • Setaria
              • Sorghum
              • Triticum
              • Zea
          • Zingiberales
            • Musaceae
              • Ensete
              • Musa
        • Lycopodiopsida
          • Selaginellales
            • Selaginellaceae
              • Selaginella
        • Magnoliopsida
          • Amborellales
            • Amborellaceae
              • Amborella
          • Apiales
            • Apiaceae
              • Daucus
          • Asterales
            • Asteraceae
              • Cynara
              • Erigeron
              • Lactuca
              • Silybum
              • Helianthus
          • Brassicales
            • Brassicaceae
              • Aethionema
              • Brassica
              • Camelina
              • Capsella
              • Leavenworthia
              • Raphanus
              • Sisymbrium
              • Arabidopsis
          • Caryophyllales
            • Amaranthaceae
              • Beta
              • Spinacia
            • Caryophyllaceae
              • Dianthus
              • Silene
          • Cucurbitales
            • Cucurbitaceae
              • Citrullus
              • Cucumis
          • Ericales
            • Actinidiaceae
              • Actinidia
            • Primulaceae
          • Fabales
            • Fabaceae
              • Arachis
              • Cicer
              • Glycine
              • Lotus
              • Lupinus
              • Phaseolus
              • Medicago
          • Fagales
            • Betulaceae
              • Betula
            • Fagaceae
              • Castanea
            • Juglandaceae
              • Juglans
          • Gentianales
            • Apocynaceae
              • Catharanthus
            • Rubiaceae
              • Coffea
          • Lamiales
            • Lamiaceae
              • Ocimum
            • Lentibulariaceae
              • Genlisea
            • Oleaceae
              • Fraxinus
            • Pedaliaceae
              • Sesamum
            • Phrymaceae
              • Erythranthe
          • Malpighiales
            • Euphorbiaceae
              • Jatropha
              • Manihot
              • Ricinus
            • Linaceae
              • Linum
            • Salicaceae
              • Populus
          • Malvales
            • Malvaceae
              • Gossypium
          • Myrtales
            • Lythraceae
              • Punica
            • Myrtaceae
              • Eucalyptus
          • Proteales
            • Nelumbonaceae
              • Nelumbo
          • Rosales
            • Cannabaceae
              • Humulus
            • Moraceae
              • Morus
            • Rosaceae
              • Fragaria
              • Malus
              • Prunus
              • Pyrus
          • Sapindales
            • Rutaceae
              • Citrus
          • Solanales
            • Convolvulaceae
              • Ipomoea
            • Solanaceae
              • Capsicum
              • Solanum
          • Vitales
            • Vitaceae
              • Vitis
    • Chromista
      • Apicomplexa
        • Aconoidasida
          • Piroplasmorida
            • Babesiidae
      • Cryptophyta
        • Cryptophyceae
          • Pyrenomonadales
            • Geminigeraceae
              • Guillardia
      • Myzozoa
        • Aconoidasida
          • Haemospororida
            • Plasmodiidae
              • Plasmodium
        • Conoidasida
          • Eucoccidiorida
            • Sarcocystidae
              • Toxoplasma
      • Ochrophyta
        • Bacillariophyceae
          • Naviculales
            • Phaeodactylaceae
              • Phaeodactylum
        • Dictyochophyceae
          • Pelagomonadales
            • Pelagomonadaceae
              • Aureococcus
      • Oomycota
        • Peronosporea
          • Albuginales
            • Albuginaceae
              • Albugo
          • Peronosporales
            • Peronosporaceae
              • Hyaloperonospora
            • Pythiaceae
              • Globisporangium
          • Saprolegniales
            • Leptolegniaceae
    • Protozoa
      • Amoebozoa
        • Lobosa
          • Amoebida
            • Acanthamoebidae
              • Acanthamoeba
            • Entamoebidae
              • Entamoeba
      • Euglenozoa
        • Kinetoplastea
          • Trypanosomatida
            • Trypanosomatidae
              • Trypanosoma
      • Metamonada
        • Trepomonadea
          • Distomatida
            • Hexamitidae
              • Giardia
      • Microsporidia
        • Microsporea
          • Dissociodihaplophasida
            • Nosematidae
        • incertae sedis
          • Nematocida
      • Mycetozoa
        • Dictyosteliomycetes
          • Dictyosteliales
            • Dictyosteliaceae
              • Dictyostelium

    The FGENESH++ Terms of Use and Acknowledgement Statement are required to be acknowledged prior to access.


    The Australian FGENESH++ Service is provided by the Australian Biocommons in collaboration with and underpinned by resources provided by Pawsey Supercomputing Centre and Bioplatforms Australia. When papers acknowledge the Australian FGENESH++ Service, they support continued research infrastructure investments by institutions and governments. Please acknowledge the Australian FGENESH++ Service with the following statement:

    This work was supported by the Australian FGENESH++ Service (https://biocommons.org.au/fgenesh-plus-plus) provided by the Australian BioCommons and Galaxy Australia.

    Data Privacy Notice

    By completing this form you agree that your responses will be provided to the Australian BioCommons and Galaxy Australia and will be used solely for the purposes of determining suitability for access to the Australian FGENESH++ Service. Your responses will be protected against unauthorised access and use; providing your name is required to enable any follow ups. For more information, please see the BioCommons Privacy Statement.